Son muchas las enfermedades para las que se conocen tratamiento y síntomas, pero hay algunas que se desconocen las causas. El desconocimiento de la causa limita el tratamiento y la prevención. Un ejemplo de esto es el síndrome de fatiga crónica.

La fatiga crónica también se conoce como «enfermedad sistémica por intolerancia al esfuerzo» o «encefalomielitis miálgica». A veces, se abrevia «EM/SFC».

Hay unas posibles causas que pueden ser probables para saber el origen del síndrome de fatiga crónica, pero no se sabe a ciencia cierta. Existe el convencimiento general del posible origen vírico de la enfermedad. A lo largo de los años, se creía que el síndrome de fatiga crónica se iniciaba tras la infección por el virus de Epstein Barr.

Otros virus se han creído que podían ser los causantes, como el parvovirus. Actualmente, a pesar de las sospechas de la infección vírica como causante o desencadenante, no existen estudios que lo confirmen.

Se han intentado implicar otras causas, como las genéticas, inmunológicas, los niveles de estrés o factores ambientales.  La alta incidencia de sensibilidad química hace pensar que algunos tóxicos ambientales podrían haber participado en la aparición de la enfermedad o ser los desencadenantes. También se han detectado alteraciones inmunológicas; de todas maneras, no existen tampoco estudios que sean concluyentes.

A pesar de los múltiples estudios realizados, no existen datos concluyentes que permitan conocer cuál es la causa o el desencadenante del síndrome de fatiga crónica. Es probable que, además, no solo exista una causa, sino que sea una combinación de varias.